Một sơ hở lớn của Đoàn Công tác Đặc biệt miền Trung là tập trung giam giữ khá nhiều tình báo viên tại trại Tòa Khâm. Trong thời gian bị giam giữ tại Tòa Khâm, Vũ Ngọc Nhạ đã móc nối được với một số tình báo viên khác, thậm chí nhận được sự chỉ đạo của trùm tình báo Mười Hương, khi đó cũng bị giam tại Tòa Khâm[4]. Từ đó, ông đã chuyển phương cách hoạt động, xây dựng sự tín nhiệm của "Ông Cố vấn chỉ đạo miền Trung" Ngô Đình Cẩn bằng tờ trình "4 Nguy cơ đe dọa chế độ" viết vào cuối năm 1959. Tờ trình này đã gây được sự chú ý của Ngô Đình Cẩn và sau đó cả của Ngô Đình Nhu lẫn Ngô Đình Diệm. Do sự dự đoán chính xác của ông về khả năng xảy ra đảo chính và cuộc đảo chính đã diễn ra sau đó vào ngày 11 tháng 11 năm 1960, các anh em họ Ngô đã chú ý đến ông và nhờ đó ông thoát khỏi sự giam cầm kéo dài trong hơn 2 năm.

Tờ trình "4 Nguy cơ đe dọa chế độ" được viết trên cơ sở mối quan hệ giữa giới Công giáo với anh em họ Ngô. Chính yếu tố này đã gây được sự chú ý, cộng với bức bình phong "người giúp việc cho Giám mục Lê Hữu Từ" mà Vũ Ngọc Nhạ được sử dụng như một người liên lạc và cung cấp thông tin giữa anh em họ Ngô với giới Công giáo di cư. Chính ở vị trí này, ông không những thu được nhiều tin tình báo có giá trị, mà còn có ảnh hưởng nhất định đến một số thông tin trao đổi giữa hai bên. Từ đó, ông bắt đầu có biệt danh ông cố vấn.